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Perl es un lenguaje para la manipulación de texto y que ahora es utilizado para un amplio rango de tareas incluyendo administración de sistemas, desarrollo web, programación en red y más.

TEMA: Problema PERL

Problema PERL 8 meses 2 semanas antes #248

  • José Carlos
  • Avatar de José Carlos
3-El script debe hacer lo siguiente:
a-Pedir un fichero de entrada y un fichero de salida.
b-El fichero de entrada debe ser el que se proporciona en el material (se llama “desafio.fasta”) es un fichero multifasta con secuencias de genes codificadores de proteínas.
c-El script debe analizar sólo las secuencias completas, es decir, debe detectar qué secuencias no tienen codón de inicio, o codón de stop o no son múltiplos de 3.
d-Debe imprimir un resumen en el fichero de salida con el total de secuencias leídas, el total de secuencias descartadas y el total de secuencias útiles.
e-debe imprimir en el fichero de salida un listado del nombre de las secuencias descartadas.
f-debe imprimir en el fichero de salida el % de G+C total de cada secuencia útil, su G+C en primera posición de los codones, el G+C de las segundas posiciones y el G+C de las terceras con este formato tabulado:
NOMBRE GC_TOTAL GC_1 GC_2 GC_3
secuencia 1 45.23 34.45 23.67 49.50
secuencia 2 44.23 32.44 33.57 43.40
ETC…
g-debe imprimir la media y la desviación estándar del GC total, del GC1, del GC2 y del GC3.
h-debe indicar qué secuencia tiene el GC más alto y qué secuencia tiene el GC más bajo.
i-debe indicar qué secuencia tiene el GC1 más alto y qué secuencia tiene el GC1 más bajo.
j-debe indicar qué secuencia tiene el GC2 más alto y qué secuencia tiene el GC2 más bajo.
k-debe indicar qué secuencia tiene el GC3 más alto y qué secuencia tiene el GC3 más bajo.
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